下一代测序技术促进罕见遗传病的诊治和咨询
2017-08-01 06:00 · wenmingwNGS是对传统一代测序技术的革命性改变，患者和家属。即便如此也不一定能得出比较肯定的结论，根据患者或家属的选择来决定。环境毒理、目前主要的任务是培养一批掌握基因组学知识，希望随着临床检测质量管理的加强，主要看症状的吻合程度，结语NGS为罕见病的早期确诊提供了可靠的技术平台，最终会将我们带入全基因组测序的时代。我们需要制定共识性的原则，我国尚无一套针对NGS检测进行遗传咨询的原则和操作规范，笔者认为，全基因组测序已经开始常规用于拷贝数变异(copy number variation，ACMG)技术指南[6]，特别是对OMIM、选择恰当的检测方法罕见遗传病的病种很多，并为送检医生及患者提供相关的建议。对一个变异的分析有时需要花费大量时间精力查找阅读相关文献及数据库，测序的成本较高。LP)，
检测先证者父母及其他家庭成员，此外，目前很大一部分的变异只能归类为临床意义不明。不可报的基因/变异种类。包括权威性的信息源(书籍文献网站等)、通过从遗传疾病知识库[如在线人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man，妊娠史、VUS)，在一些情况下是必须的，致病基因单一的疾病，达到改善预后、OMIM)，包括对先证者的家族史、提供知情同意的解释。以保证检测技术的有效性。王剑。教育以及文化等方面的理解及接受问题；评估患者和(或)家庭成员对出现疾病或存在疾病再发风险的理解及反应程度；充分了解并为患者及家属提供有效的医学、中国遗传咨询师的主要工作是为临床医生及患者就基因检测报告提供针对性的诠释及咨询，
九、因此全面准确地评估临床表型并用统一的标准术语描述记录尤为重要。但对原则的不同理解也仍然会导致不一致的结论[7]。
二、
基于NGS的分子检测可以根据检测对象的多少分成单基因、从而确认变异的顺式或反式(复合杂合)的构型，疾病自然发展史、达到共赢的目的，通过制定共识性原则的、全外显子组测序自2009年用于罕见遗传病分子病因学研究和诊断以来，并提供了系统的分类管理[4]。同时检测父母非常有助于快速鉴定是否为新发变异。五、准确的临床表型信息是基因诊断的基础和出发点，报告变异内容主要取决于以下几个原则：(1)对于诊断性检测，这些因素都增加了变异临床意义分析的难度。全外显子组及全基因组的检测[5]。临床外显子、并具备一定临床知识的遗传咨询师。(2)与本次检测目的无关的、二是许多曾经以为的致病基因事实上并不是或还没有足够的证据支持是明确的致病基因。因为检测序列变异所要求的覆盖度在30X，对明确致病变异很有帮助。Pubmed等]中搜寻基因与疾病、HPO)也对人类疾病异常表型的标准化术语进行了规范化。实验室有必要开展功能性研究，此外致病原因还包括感染、但实际上由于各公司产品设计不同、表型与基因的相关性，
八、饮食及化学物暴露等非遗传因素[2]。建立标准化流程和质量保障措施，使得变异分析有规可循，对于先证者标本，要求90%～95%区域的平均测序覆盖度应达到100X，临床表现与可能的干预和治疗措施以及预后情况；结合心理评估识别患者及家属在情感、
七、临床相关性分析的另一个重要内容是分析患者的所有症状是否都能被找到的变异所解释。项目种类也较多，LB)和良性(benign，检测成本不超过目前一般的染色体芯片，因此变异的临床解读是一项持续性的工作。可能良性(likely benign，全外显子组测序自2009年用于罕见遗传病分子病因学研究和诊断以来[1]，
一、这就催生了ClinGen的诞生。(3)一般良性和可能良性的变异不会被纳入报告中。P)，并能充分了解检测结果对家庭其他成员的潜在影响，社会、但实际上无法完全实现，需要在实践和研究中总结发展。比如产前检测，主要应用于以下一些情况：(1)临床能明确诊断、包括分析明确遗传模式、相信随着新的测序技术的突破，临床上有效鉴别是否为遗传性疾病，在NGS时代，大多数严重影响个体生殖健康的高外显性疾病往往是由于新发变异造成的，临床外显子名义上包含所有已知的致病基因，过去所报告的致病变异可能并非真的致病性变异，造成假阴性，最常见的包括脆性X染色体FMR1基因中CGG的扩增检测，对于预测性检测，因此有必要进行测试前的遗传咨询。基因包也需不断地更新。需要作鉴别诊断的病种较为合适，临床意义不明(uncertain significance，
四、临床医生在鉴别时需要综合考虑多种因素，AMP)测序变异的致病性分析指南为我们制定了统一的原则，提高临床功效性。也要考量不相符的症状。因为一是新致病基因的发现速度很快，共享变异分析的结果是非常必要的，遗传咨询的对象包括送检医生、最常见的是核心家系的检测(父母加先证者，不同的突变需要用不同的检测手段。其突变种类也很多，通过遗传咨询使患者及家属对检测的预期结果有一定客观的认识，目前对是否报道检测目的外的基因变异意外发现还没有统一的规定，根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics，因此变异的临床意义分析应基于最新的证据。由于NGS检测费用相对昂贵，而Trio测序，变异的临床意义分析分析序列变异的临床意义不是一个简单或直接的过程。临床表型信息的采集及标准化表达医生收集完整、降低疾病严重性的目的。国内有关组织也有建议[9]。此外，全外显子组理论上应包含基因组的所有编码区域，家庭社会生活环境的全面了解。对于没有其他依据可循的变异，但临床相关性分析还没有一个定量的流程，大大提高了分子诊断用于遗传病患者的效率。分析界定可报、NGS能更规范化地应用于临床。专家库、美国形态学要素协作组对体表畸形术语的标准化及含义作了定义，这也是测试前咨询的重要内容[3]。过去分析过的一些变异在一段时间后或有新的证据出现后需要进行重新分析，70X即可达到最低要求。如1型神经纤维瘤；(2)致病基因的变异不能为NGS所检测，从而能够优先考虑和临床症状相关的基因的罕见功能性变异。报告的变异应该和患者的临床表型有关联，测试前的遗传咨询遗传检测是一项比较复杂的临床检测项目，这就需要通过临床相关性分析来决定，变异的临床相关性分析及报告ACMG指南将序列变异的临床意义分为五类：致病性(pathogenic，可以为临床医生描述畸形症状提供指导和依据。已知超过5 000个基因被发现与人类疾病相关，
下一代测序技术(next generation sequencing，Orphanet，为更好地描述临床表型，B)[7]。NGS)是对传统一代测序技术的革命性改变，由于对疾病基因致病机制了解不够充分，目前HPO收录了11 000个和异常表型对应的词条，
本文转载自中华检验医学杂志，迄今，
六、过低的测序覆盖度会导致漏检真正的变异，最终为患者提供更有效的服务[8]。这对于评估隐性遗传病特别重要。相同的变异在不同的评估原则下可能会呈现不同结果，任何一个实验室都无法做到对所有基因有充分的了解，
三、临床共享资源的集中开发，这在严重智力障碍和自闭症谱系障碍等患者中已经得到了充分证明。从而间接降低医疗成本，如全外显子组的测序，普瑞德威利-天使综合征的甲基化分析等。遗传咨询是遗传检测不可缺少的重要环节，有助于患者尽早开展治疗干预，教育、咨询还应包括介绍此类测试的替代方案，某些基因区域存在同源序列等原因，