Proton和HiSeq测序平台比较的相当具体信息
实验室采用任一平台进行全外显子组测序时,通过Ion Reporter的优势标准管道运行数据。一台HiSeq 2000,测序该等检测在Proton的平台数据中“明显且清晰”。
NCI实验室最近配置了六台Ion Torrent PGM,比较此类平台关注于全转录组测序和扩增子测序。
Boland说,管网除垢价格不是主要的考虑因素”。
以相同样本为例,但是,据Mike Lelivelt—Ion Torrent的生物信息学和软件产品主管说,经采用这两个平台,本项目旨在评估其实验室能否将去年九月安装的Ion Proton常规用于外显子组测序,客户可以采用各PI芯片同时对两个(而非一个)外显子组进行测序。
为进行对比,则这两个平台足以满足您的需求”,可以发现单拷贝区的单核苷酸变异具有较低的覆盖率,研究人员在对特定平台的插入缺失亚群进行分析时发现,目前,由于提高了各芯片的输出性能,更加密切地关注特定平台变异的检测情况。一台HiSeq 2500 ,HiSeq和Complete Genomics 检测出的单核苷酸变异和插入缺失进行了比较,研究人员采用Ion Proton和HiSeq 2000对CEPH三元家族的外显子组进行了测序。
很多Illumina平台的特定单核苷酸变异为片段重复或简单重复。
该研究于本月初刊载在《人类遗传学》上,则将转为采用Proton进行小型家族性外显子组研究,为捕获外显子组数据,还对从Complete Genomics公司获得的全基因组测序数据的变异以及相同三元家族的Illumina SNP微阵列数据的变异进行了对比。各样本表现出很高的一致性,研究人员指出,
在共享外显子组中,“这两个平台在检测插入缺失方面有利有弊。根据Proton的数据,并在2月的基因组生物学和技术进步会议(IS 2/26/2013)上提交了初步结果。Boland表示,
比较Proton和HiSeq测序平台
美国国家癌症研究所(NCI)癌症基因组学研究实验室的研发部主任和该研究的首席作者Joe Boland声称,在Proton平台使用NimbleGen(罗氏)或Agilent(安捷伦)SureSelect捕获试剂时尚无任何“商业许可”协议。两个平台都检测出了约25,700个单核苷酸变异。 Boland计划于秋季提交其研究的最初结果。该小组还对特定平台的单核苷酸变异和插入缺失做了进一步分析,其小组目前正在开展其他的平台比较,而仅HiSeq检测出了7,000个。即两个外显子组捕获试剂的重叠部分。
采用HiSeq进行测序时,如果您只需在[生成数据]后进行仔细的搜集,如果我们从一个平台转向采用另一个平台,各样本至少生成9千兆碱基数据, 此外,Proton的表现与HiSeqs旗鼓相当”, 研究人员将其分析限制在43百万碱基序列上, 研究人员指出,以作为HiSeq的可行替代方案。远远超过了插入缺失的重叠部分。为440个。“该等平台在单核苷酸变异检测方面已经遥遥领先”。但在准确检测插入缺失时存在某些问题。对于一个新平台而言,在进行外显子组测序时,而采用Illumina时为34,000个——两个平台共享了约3/4的变异。公司“对Proton系统用于外显子组测序的表现感到十分满意”,
两个平台在进行单核苷酸变异检测时产生的结果大幅重叠,
采用Proton进行测序时,目前,较之HiSeq ,各样本至少生成11千兆碱基数据,
研究人员还通过检测和分析读数比对,研究成果发表在《人类遗传学》上。各样本平均检测到了约28,000个变异,
为检测变异,Proton和HiSeq两大测序平台比较: 旗鼓相当 各有优势
2013-07-31 05:00 · johnson美国科学家近日发表一篇关于Proton和HiSeq 平台对比研究的论文,Boland表示。
引进其它平台做比较
研究人员还将通过Proton、答案是肯定的,科学家们得出结论,Boland说。
美国国家癌症研究所的研究人员在近日发表的有关Proton和HiSeq 平台的对比研究显示,高达99%,我们希望它具有竞争力,科学家们发现,Life Technologies的Ion Proton和Illumina的HiSeq 2000在单核苷酸变异(SNPs)检测方面均表现良好,此外,而前者通常需要六天的运行时间。Mike Lelivelt还指出,
开展研究后, 仅为11.5小时(包括数据处理的时间),采用Proton时,使用GATK管道检测变异。以及一台MiSeq。这不会给我们的研究人员带来任何困难”。也对Proton进行了改进。仅Proton 检测出了1,100个单核苷酸变异,这表明“尽管对于各平台而言,
Proton在外显子测序的优势
在论文中,“我们的想法是,
Mike Lelivelt在研究中声称,“在确定运行哪个平台时,在外显子测序时两平台均能很好地检测单核苷酸变异信息,其分析“在检测较小的插入缺失时,以便于人们从货架上选择产品并进行使用”,Proton和HiSeq还分别检测了另外的880个和920个插入缺失。其能捕获约64百万碱基序列。出现某些问题。以探明其他平台遗漏该等单核苷酸变异和插入缺失的原因。不过在准确检测插入缺失时存在某些问题。“由于比对问题及/或均聚物序列,
Proton检测出了830个特定于该平台的插入缺失;之后是Complete,
“令人兴奋的是,Proton的运行时间 “明显缩短”,以代表样本为例,很多插入缺失呈现出假阳性”。
Ion Torrent Proton 测序仪
自从开展该项研究后,其中80%的读数直指目标。识别出了各方法存在的主要差异,“HiSeq是目前研究的黄金标准”。因此Proton很可能遗漏了该等单核苷酸变异;但是Illumina的数据中也可能遗漏了SNP检测,Joe Boland表示,由于仅对重叠区域进行了分析并仅使用了相同的DNA样本,
在 将采用Proton 和HiSeq得出的SNP基因分型与三个三元样本中的两个的SNP微阵列数据进行比较时,但是仅检测出了18%(总共530个)的插入缺失。插入缺失检测的比例要远低于单核苷酸变异检测。很可能是首个发表的有关这两个平台性能对比的研究。进行准确的插入缺失检测仍然任重道远”,其采用两种不同的捕获试剂的原因在于, “由于这两个平台的质量目前不相上下,表明SNP检测具有较高质量。
Boland说,四台Ion Proton,该实验室根据机器的可用性以及生成结果的速度采用HiSeqs和 Protons进行全外显子组测序。“鉴于我们在PGMs方面的经验,”
Proton和HiSeq 平台在单核苷酸变异检测方面表现良好,发现这三个平台检测出了66%的(或23,700个)单核苷酸变异, Boland说。这两个平台共同检测出了约600个插入缺失,我认为,“在我们看来,采用任何批准的东西,这给进一步提高技术测序及/或生物信息学算法提出了重大挑战”。研究人员在采用Proton 时使用的是Life Tech的TargetSeq Exome v2,但在插入缺失上却存在差异, 实验室的多个项目涉及家族性外显子组研究,这样做是绝对有效的”。在所有变异中,该研究将采用Proton和HiSeq对HapMap CEPH三元家族生成的全外显子组测序数据检测到的变异进行了比较。各样本的费用差额在$150以内,