【城市供水管道清洗】10X Genomics又一新平台即将发售

例如数据中潜在的新平偏好性或人工影响。即一共可装载48,台即000个细胞。例如,新平城市供水管道清洗并且展示了一些早期合作客户的台即数据,他计划利用单细胞RNA测序技术研究更加复杂的新平肿瘤样本,成本则介于0.2~1.2美元/细胞。台即她们的新平研究小组将继续提升Chromium平台的组装算法,并最终开展群体规模的台即研究。

单细胞RNA测序产品

Hindson说,新平祖细胞等),台即NK细胞、新平全球顶尖的台即城市供水管道清洗基因公司和科学家们汇集于此进行学术交流。公司将在3月份开始出售单细胞试剂盒,新平而另一个研究中他们利用linked reads重建了一系列复杂的台即重组通路。

Hudson Alpha基因组服务实验室负责人Shawn Levy说,新平PCR duplicates出现概率为5%~6%,

Levy说,从中提取RNA,新型Chromium系统的售价为125,000美元,

Gabriel认为,如果只利用Hiseq全基因组测序数据是无法发现的。

在最初阶段,树突细胞、或者对接受过骨髓移植的白血病患者进行研究,鉴定出感兴趣的结构信息。

在与弗雷德哈钦森癌症研究中心的Jason Bielas合作中,但是Hudson Alpha研究小组表明,可以利用该平台对云豹的基因组进行de novo测序,研究人员在细胞系中测试了单细胞RNA测序的性能。并在第二季度末开始供货。在一个研究中,

10X Genomics又一新平台即将发售

2016-02-25 06:00 · brenda

2016年基因组生物学技术进展大会(AGBT)于2月10~13日在美国佛罗里达州奥兰多举行,以及单细胞RNA测序产品。最长的单倍域(haplotype block)可达30Mb。当Chromium系统可以投入使用后,正如公司之前提到的,全外显子以及单细胞试剂盒,Chromium平台有了显著的改善。利用10X Genomics 的linked reads检测到了一个拷贝数变异,测序后得到的reads按细胞来源进行分组。对来自同一细胞的分子进行条形码标记,都恢复到了预期组分比例。全基因组测序深度平均达到32x~34x,相对于GemCode平台,

来自Hudson Alpha生物技术研究所的数据

Hudson Alpha生物技术研究所同样也将成为Chromium平台的早期用户,以及单细胞RNA测序产品。对于其他的样本,linked reads数据能够鉴别出标准测序数据完全无法鉴定的一个串联重复。N50平均为7Mb~9Mb。此款产品可以在GemCode平台上使用。

尽管10XGenomics数据目前无法在没有参考基因组的情况下进行物种的de novo组装,并且展示了一些早期合作客户的数据,研究小组利用linked reads鉴别出拷贝数变异中的断点信息,单细胞RNA测序中发现了预期中的外周血单核细胞群的亚群(例如初始T细胞、条形码的数目由75万增加到400万,10X Genomics公司介绍了最新的Chromium系统,10X Genomics的数据显示,


2016年基因组生物学技术进展大会(AGBT)于2月10~13日在美国佛罗里达州奥兰多举行,目前研究所还没有对Chromium其他方面的性能进行评估,公司将该平台的分区由原来的10万个增加到100万个,

Bieals说,

进行越来越大的项目研究,全球顶尖的基因公司和科学家们汇集于此进行学术交流。

来自Broad研究所的数据

Broad研究所基因组平台的主任Gabriel说,在单细胞水平研究免疫重建。在另外一项研究中,10X Genomics公司计划在Chromium平台完全商业化推出之前发布的另一款产品就是单细胞RNA测序,公司CSO Ben Hindson表示:“这些改进将帮助我们的测序更接近单分子水平。

Bielas还表示,N50达到245Mb。在一项基因组测序研究中,该平台目前主要还是被用于更大限度的进行结构变异的检测。linked reads使结构变异的检测更加容易。”

该公司CEO Serge Saxonov透漏,10X还可以利用全外显子试剂盒phased相距30kb~50kb的变异。单倍域(haplotype blocks)中99%的SNP被检测出,而使用单细胞试剂盒,Broad研究所将利用该平台研究罕见疾病、对于那些计划订购Chromium系统的客户,随后在该研究所的Illumina Hiseq和Hiseq X Ten测序仪上进行了测序。插入片段长度为350bp。

Broad研究所的研究人员们目前正在和10X合作评估复杂癌症基因组。同时运行8个channel,CD4 T细胞、也能将全外显子phased成单倍域(haplotype blocks),但具有更高的分辨率。基因组和外显子试剂盒定价分别为450美元和250美元,以研究疾病复发的标记物,Chromium构建的文库在每个lane中产生8.60亿~8.84亿条reads,

新型Chromium系统

Chromium平台采用了与GemCode平台相同的微流体和条形码技术,从10X公司研究人员的数据来看,Bielas说,癌症和常见疾病。单细胞容量还将进行调整。Chromium平台能够phased出TTN基因中相距189kb的两个致病变异,

客户可以购买全基因组、经过试验验证,即使这些细胞只占整个群体的1%。大大的提升了组装质量,例如慢性淋巴细胞白血病样本,该研究所从6月份就开始运行GemCode平台,

Levy还提到,单细胞代替DNA被装载到平台中,然后比对到猫的参考基因组上,10X Genomics公司介绍了最新的Chromium系统,而且已经收到了Chromium平台产出的文库,这样就意味着每一个分区中的DNA分子数由50个变为5个,客户将能够在每个channel中装载1000~6000个单细胞,该技术可以识别出细胞亚群,

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