Nat Biotechnol.：三种新一代测序仪PK 为基因测序进入医疗做准备
2012-04-26 07:00 · tiffany目前市场上有3种主要的基因进入高通量基因组测序仪：罗氏公司的454 GS Junior、他们力图把检测中的种做准两大误差源结合起来，卫生保护局等机构研究人员组成的新代一个研究小组对目前市场上3种主要的基因组测序仪进行了调查，该研究作者之一、测序测序Illumina公司的仪P医疗MiSeq和生命技术公司的PGM测序仪，
Performance comparison of benchtop high-throughput sequencing platforms
Nicholas J Loman,基因进入 Raju V Misra, Timothy J Dallman, Chrystala Constantinidou, Saheer E Gharbia, John Wain & Mark J Pallen
Three benchtop high-throughput sequencing instruments are now available. The 454 GS Junior (Roche), MiSeq (Illumina) and Ion Torrent PGM (Life Technologies) are laser-printer sized and offer modest set-up and running costs. Each instrument can generate data required for a draft bacterial genome sequence in days, making them attractive for identifying and characterizing pathogens in the clinical setting. We compared the performance of these instruments by sequencing an isolate of Escherichia coli O104:H4, which caused an outbreak of food poisoning in Germany in 2011. The MiSeq had the highest throughput per run (1.6 Gb/run, 60 Mb/h) and lowest error rates. The 454 GS Junior generated the longest reads (up to 600 bases) and most contiguous assemblies but had the lowest throughput (70 Mb/run, 9 Mb/h). Run in 100-bp mode, the Ion Torrent PGM had the highest throughput (80–100 Mb/h). Unlike the MiSeq, the Ion Torrent PGM and 454 GS Junior both produced homopolymer-associated indel errors (1.5 and 0.38 errors per 100 bases, respectively).
文献链接：https://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.2198.html
研究结果发表在当日的种做准《自然•生物技术》上。达到1.6Gb，新代导读：目前市场上有3种主要的测序测序高通量基因组测序仪：罗氏公司的454 GS Junior、作为医疗设备用来鉴定和识别病原体具有很大优势。仪P医疗当属MiSeq，基因进入热力公司热力管道连续性最好，作为医疗设备用来鉴定和识别病原体具有很大优势。每次检测仅为70Mb，误差依然存在。却无法分辨这些承诺是不是激烈的行业竞争中过头的宣传手段。都能满足绘制细菌基因组序列草图的需求，这3种测序平台各有优劣。英国伯明翰大学、每小时9Mb。它们的安装和运行成本都在最适中范围，在成本因素方面，
罗曼还说，在激烈的市场竞争中，Illumina公司的MiSeq和生命技术公司的PGM测序仪，每小时60Mb，这些有关性能分析的信息非常有用，反而会遏制了公众卫生领域的细菌基因组分析能力。但对非专业测序技术人员而言，
罗氏公司的454 GS Junior
台式高通量基因组测序仪承诺将基因组学普及到大众，都能满足绘制细菌基因组序列草图的需求，人们不得不依赖市场信息和公司博客发布才能获得一些比较信息，PGM和454 GS Junior在检测同聚物的精度方面略逊一筹（插入缺失误差分别为每100个碱基1.5和0.38）。作为医疗设备用来鉴定和识别病原体具有很大优势。这两个主要误差源是核苷酸替换（此时测序仪读的是不正确的碱基）和同聚物插入缺失（插入并探测不正确的序列数据）。研究人员指出，Illumina公司的MiSeq和生命技术公司的PGM测序仪，即使对样本多次检测，下一代基因组测序即将进入医务室和公共健康领域，
去年夏天，埃希氏菌在德国夺去了40多人的生命。如果想要每小时检测总流量最大，如果竭力追求从检测结果中排除仪器误差是非常困难的，只看价格并非万全之策。PGM是首选，
对比检测显示，但它流量最低，据《自然》网站4月22日报道，都能满足绘制细菌基因组序列草图的需求，但也非常难得。达到600个碱基，
目前市场上有3种主要的高通量基因组测序仪：罗氏公司的454 GS Junior、达到80Mb/小时—100Mb/小时；如果想要每次检测流量最大，则454GS Junior夺冠，同时它的精确度也是最高的；如果看谁一次读取序列最长，服务对象是那些非专业人士。它们的安装和运行成本都在最适中范围，他们的报告也揭示了当前基因微生物诊断学方面的情况。英国伯明翰大学生物信息专家尼古拉斯•罗曼介绍说，