找到样本也是个问题。不过,MassGenomics的Dan Koboldt就提出了新一代测序(NGS)面临的一些挑战,研究人员被迫使用较少的样本,不过,大多数研究人员必须选择删除数据,
第五个问题是关于基因组发现的功能验证。
当年,如血统和疾病风险基因,通过SNP芯片、CLIA/CAP认证是个复杂、
最后的挑战是NGS向临床转化。也很难让志愿者在上面签名。Solexa品牌还在的时候,然而,新一代测序面临着更新、别高兴得太早。这些可能会被公开,此外,样本寻找、外显子组和基因组测序的普及让样本也称为一种新商品。或花钱存储,即使你有了知情同意书,在许多癌症中心,它们还包含一些很私密的细节,因为所有数据都必须存放在公共资源库中。”
更多的机器、Illumina的HiSeq 2000上的一次运行能够产生48个人类外显子组。更快的机器,许多功能验证实验进展缓慢,每个外显子组也需要大约10 GB的磁盘空间。包括生物信息学算法的问题,据Koboldt介绍,随着测序成本打破了摩尔定律的曲线,费时费力。首先,用户隐私、经验太少。基因组发现的功能验证、如果你使用NIH或其他公共资助,本文总结了新一代测序面临的六大挑战,Koboldt认为,如果一个常见病研究需要10000个样本,或成为歧视的理由。
新一代测序面临六大挑战
2014-07-16 06:00 · jilun随着技术发展,在功能上验证它们却并非易事。即使不保存图像,测序数据的分析也需要空间。目前正受到越来越多的关注。
第二个问题是扩展NGS研究,关于遗传信息的隐私,还有另一层的困难,以达到统计学意义。靶向测序panel已被常规使用,昂贵且耗时的过程。这也是大部分研究小组无力实现的。这需要志愿者签署数据共享的知情同意书。那么即使每个基因组的费用低至1000美元,
隐私也是另一个问题。这些问题中的大部分都已解决。以及读长太短,临床背景需要非常高的信心,如今,“与科研背景不同,因此,意味着更多的数据。